Giovanni De Agostini acque il 23 agosto del 1863 a Pollone, in provincia di Vercelli, da Lorenzo e Caterina Antoniotti, in una famiglia di commercianti di tessuti. Uno dei fratelli, Alberto Maria, missionario salesiano, divenne esploratore della Terra del Fuoco. Dopo il liceo, frequentò l’università di Torino e il 15 dicembre 1888 si laureò in lettere a Pavia. Nel 1890, dopo una breve esperienza come insegnante di storia e geografia, andò in Germania, ispirato dall’esempio di G. Cora, che aveva portato il gusto per le carte geografiche dalla Germania all’università di Torino, fondando una delle prime officine private di cartografia moderna.
A Berlino, il nostro approfondì le sue conoscenze teoriche frequentando corsi speciali all’università e a Gotha, dove, grazie all’aiuto dell’ambasciatore italiano a Berlino, fu ammesso come apprendista al celebre Istituto geografico di Justus Perthes, il più grande centro cartografico d’Europa. Lì imparò la tecnica cartografica tedesca, la migliore dell’epoca. Da quel periodo risale la sua prima pubblicazione: “Geographische und ethnographische Aufzeichnungen ueber das Feuerland” (Gotha 1891), ristampata a Firenze nel 1893 con il titolo: “Cenno storico e bibliografico della Terra del Fuoco”.
Tornato in Italia, si perfezionò in geografia presso l’Istituto di studi superiori di Firenze sotto la guida di G. Marinelli, che lo indirizzò verso la ricerca sul campo e la limnologia, scienza allora agli inizi in Italia. Da quel momento e fino al 1900, si dedicò quasi esclusivamente all’esplorazione scientifica e alla rappresentazione cartografica dei laghi italiani.
Tra il 1893 e il 1895, studiò i laghi delle Alpi Apuane con O. Marinelli e iniziò le ricerche sui laghi e torbiere dell’area di Ivrea. Nel 1895, a Genova, partecipò alle misurazioni batimetriche del golfo di La Spezia, ma presto tornò a esplorare i laghi del Nord Italia. Tra il 1896 e il 1897, studiò i laghi del centro Italia, e tra il 1898 e il 1899 si concentrò sui laghi del Lazio. La sua opera più significativa di questo periodo è l'”Atlante dei laghi italiani”, che rappresenta su scala 1:50.000 i sessanta principali laghi italiani. Pubblicato con il contributo della Reale Società geografica italiana (R.S.G.I.), l’atlante fu un’opera pionieristica in Italia.
I rapporti con la R.S.G.I. iniziarono nel 1893 e nel 1898, al terzo congresso geografico italiano di Firenze, presentò uno stato dettagliato degli studi batimetrici sui laghi italiani, ottenendo grande ammirazione. Nel 1899, fu delegato a rappresentare la società al congresso internazionale di Berlino, presentando una relazione sulle ricerche limnologiche italiane.
Nel 1900, fondò l’Istituto cartografico di Como per produrre carte geografiche di ogni tipo, iniziativa che suscitò grande interesse tra gli studiosi. Poco dopo, annunciò la fondazione dell’Istituto geografico “G. De Agostini” di Roma, con l’obiettivo di creare un istituto geografico privato simile a quelli esteri e promuovere l’interesse per la geografia fuori dagli ambienti scientifici.
L’istituto pubblicò molte opere rivolte alle scuole e al grande pubblico, tra cui l’Atlante scolastico moderno e il popolare Calendario atlante De Agostini. Nel 1905, firmò un importante contratto con il Touring Club Italiano (T.C.I.) per la realizzazione di una carta corografica d’Italia al 1:250.000, progetto completato nel 1913 e apprezzato per la sua qualità.
Nel 1907, l’istituto si trasferì a Novara, dove continuò a crescere e a formare nuovi cartografi italiani. Durante la Prima Guerra Mondiale, pubblicò numerose carte geografiche, ma le difficoltà finanziarie portarono alla liquidazione della società nel 1919. La nuova società “Istituto geografico De Agostini” fu costituita a Novara, ma il nostro fondatore ne perse il controllo nel 1920.
Trasferitosi a Torino, fondò la Cartografia Fratelli De Agostini e pubblicò diverse opere, tra cui l’importante “Carta della Repubblica Argentina”. Nel 1927, ricevette un premio per i suoi contributi alla cultura nazionale. Nel 1928, si trasferì a Milano, dove fondò la Società anonima De Agostini – Istituto editoriale e la Società anonima – editrice Italgeo di Milano. Tra le sue ultime opere, ricordiamo “Imago Italiae”, una dettagliata descrizione turistica dell’Italia. Morì a Milano il 21 novembre 1941, dopo aver ricevuto la medaglia d’oro dei benemeriti dell’Educazione nazionale.